Организацией движения пассажирских поездов занимается государственная компания Elron. На поезде из Тарту можно двигаться в направлении Таллинна, Валга и Пылва-Пиуза.
С расписанием и ценами можно ознакомиться на домашней странице Elron.
Железнодорожное движение всегда занимало важное место в Тарту. Тарту являлся важной узловой станцией как для товарных составов, так и в сфере пассажирских перевозок.
Тартуская железнодорожная станция (вокзал) была построена одновременно с сооружением железнодорожной линии Тапа-Тарту в 1876 году, которая являлась ответвлением железнодорожной линии Палдиски-Петербург, построенной в 1870 году. Первый поезд прибыл в Тарту 21 августа 1876 года. Строительство железной дороги между Таллинном и Тарту финансировали, прежде всего, местные промышленники и купцы, которым железная дорога требовалась для перевозки сырья и товаров. Ветка Тарту-Валга-Рига была построена в 1889 году, а железная дорога Тарту-Печоры – в 1931 году.
Здание вокзала было модернизировано в 2012 году. В 2017 году площадь перед вокзалом также получит совершенно новый облик.