4 мая 1993 года в Каунасе был подписан Меморандум о намерениях между Тарту и Каунасом.
Хорошая совместная работа ведется в области молодежной работа и культурного обмена, совместные проекты были реализованы молодыми художниками, и ведется обмен опытом в рамках организации международных Ганзейских дней.
С 1999 года представительство Тарту принимает участие в праздновании Дня города в Каунасе.
Тарту и Каунас имеют несколько общих городов-побратимов – Ригу, Тампере, Феррару и Санкт-Петербург.
Как и Тарту, Каунас также входит в Союз городов Балтийского моря (Union of the Baltic Cities, UBC) и в Ганзейский союз.
В 2015 году произошло исключительно важное в жизни обоих городов событие: Каунас получил статус города дизайна ЮНЕСКО, а Тарту получил звание города литературы ЮНЕСКО.
