Foto: Harri Rospu Endel Nõgene sündis Tartus. Lõpetas 1969 trompeti- ja dirigeerimiserialal Tartu muusikakooli, 1974 Tallinna Riikliku Konservatooriumi. Järgnesid dirigeerimisõpingud Leningradi konservatooriumis.
Endel Nõgene oli aastatel 1974–1981 Vanemuise teatri dirigent, 1975 asutas ta Vanemuise Kammerorkestri, mida juhatas aastani 2000. 1977–1979 töötas Nõgene dirigendina Leedu Rahvusooperis ja 1979–1987 Rahvusooperis Estonia.
Aastatel 1980–1981 ja 1987–1999 oli ta Vanemuise muusikajuht ja peadirigent, 1999–2004 jätkas Estonia dirigendina, seejärel on ta mõlemas teatris olnud tegev külalisdirigendina. Nõgene on toonud välja üle 60 muusikalavastuse ning juhatanud hulgaliselt sümfooniakontserte Eestis, Soomes, Rootsis, Saksamaal, Armeenias, Venemaal, Lätis, Leedus, Rumeenias ja Tšehhis.
Lisaks dirigenditööle on Endel Nõgene olnud tegev muusikaõppejõuna Tallinna ja Tartu muusikakoolides, pikem koostöö on sidunud teda Eesti Muusikaakadeemia ooperikoolitusega. 1992. aastal valiti Endel Nõgene Viinis asuva Euroopa Muusikateatrite Akadeemia liikmeks, aastatel 1992–2001 oli juhatuse liige.
1988. aastal Eesti NSV teeneline kunstitegelane. Korduvalt pälvinud Eesti Vabariigi Kultuuriministeeriumi ja Eesti Teatriliidu dirigendipreemia. Tartu medali kavaler aastast 2010.