Lõpetanud 1962. aastal Tartu Riikliku Ülikooli arstiteaduskonna asus Jüri Samarütel anestesioloogina tööle Tartu Vabariiklikus Kliinilises Haiglas, kus aastatel 1965-68 juhatas anestesioloogiaosakonda. 1968-92 oli Tartu Riikliku Ülikooli hospitaalkirurgia kateedri õppejõud, 1992-2003 töötas dotsendina Tartu Ülikooli anestesioloogia- ja intensiivravi kliinikus. Meditsiinikandidaadi väitekirja kaitses 1974. aastal.
Jüri Samarütel on intensiivravi - ja anestesioloogiaeriala üks väljapaistvamaid liidreid ja uuenduste eestvedajaid Eestis. On avaldanud 207 teaduspublikatsiooni, 27 neist on ilmunud viie viimase aasta jooksul. Tema juhendamisel on väitekirja kaitsnud kaks meditsiinidoktorit. Jüri Samarütel on sotsiaalministeeriumi anestesioloogianõunik.
Eesti Vabariigi teaduspreemia 1998. Tartu medali kavaler aastast 2004.