Professor Lembit Nei on andud suure panuse Eesti Maaülikooli ja Tallinna Tehnikaülikooli Tartu kolledži arengusse. Nei juhtimisel ehitati üles Eesti Maaülikooli Keskkonnakaitse Instituut ning tema initsiatiivil tuli Tartusse Tallinna Tehnikaülikool, esialgu Säästva Tehnoloogia Instituudi ja seejärel Tallinna Tehnikaülikooli Tartu kolledžina. 2005.–2021. aastal juhtis ta instituudi ja kolledži direktorina selle ülesehitamist, suunates aktiivselt teadus- ja arendustööd ning lugedes üliõpilastele loenguid. Oluliseks läbimurdeks sai Tallinna Tehnikaülikooli ehitusinseneriõppe toomine Tartusse.